Không đưa vào phân tích

Nếu phân tích phát sinh chủng loài chính thức được thực hiện mà không đưa vào một nhóm đơn vị phân loại nào đó, các tác giả có thể lựa chọn việc gán nhãn incertae sedis cho đơn vị phân loại đó mà không cần phải dự đoán về vị trí của nó ở đâu trong cây phát sinh chủng loài. Điều này đặc biệt phổ biến khi phát sinh chủng loài phân tử được sinh ra khi các mô của nhiều sinh vật hiếm là rất khó để có được. Nó cũng là kịch bản phổ biến khi các đơn vị phân loại hóa thạch được đưa vào do nhiều hóa thạch được xác định chỉ dựa trên các thông tin không toàn diện. Ví dụ, nếu phát sinh chủng loài được xây dựng trên cơ sở sử dụng các mô mềm và cột sống như là các đặc trưng cơ bản và đơn vị phân loại đang nghiên cứu chỉ được biết đến nhờ một chiếc răng thì điều cần thiết là gán nhãn incertae sedis cho đơn vị phân loại đó[4].

Mâu thuẫn

Nếu các kết quả mâu thuẫn tồn tại hay nếu không có sự đồng thuận giữa các nhà nghiên cứu về việc đơn vị phân loại đó có quan hệ như thế nào với các sinh vật khác thì nó cũng có thể bị liệt kê như là incertae sedis cho đến khi các mâu thuẫn được giải quyết[4].

Đơn vị phân loại cơ sở

Có xu hướng đang gia tăng trong số các nhà phân loại học về việc đặt các đơn vị phân loại cơ sở trong nhánh chứa các tổ tiên của chúng, nhưng kiềm chế để không gán cho nó bất kỳ cấp bậc phân loại cụ thể nào. Ví dụ, tổ tiên của mọi loài linh trưởng cũng có thể đặt trong bộ Linh trưởng (Primates), nhưng không thể và không nên đặt trong bất kỳ họ nào. Việc đặt nó trong một họ cụ thể nào đó (chẳng hạn họ Lemuridae) có thể làm người đọc cho rằng nó có quan hệ họ hàng gần gũi với các thành viên của họ đó (vượn cáo) hơn là so với các loài linh trưởng còn lại, trong khi trên thực tế nó có quan hệ bình đẳng với tất cả các loài linh trưởng.